Pada tahun 2006/2007 Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Raden Fatah membuka lagi satu program studi yaitu program studi Guru Pendidikan Agama Islam untuk Sekolah Dasar dan Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah. Program ini merupakan peralihan dari program diploma GPAI SD & GKMI. Peralihan program ini dilatar belakangi oleh Undang-Undang Guru tahun 2006 yang menghendaki kualifikasi seorang guru minimal berpendidikan Strata I (S-1). Sebagai respon dari Undang-Undang Guru tersebut, maka sejak tahun akademik 2006/2007 program diploma GPAI SD dan GKMI tidak dibuka lagi dan sebagai gantinya dibuka program S-1 PGPAI SD dan PGMI.
Program S-1 GPAI SD & PGMI dibuka berdasarkan persetujuan anggota Senat Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Raden Fatah dalam sidangnya pada hari Rabu tanggal 19 April 2006. sedangkan PGMI dibuka berdasarkan keputusan DIRJEN PENDIS DEPAG RI No. DJ.I/257/2007.
Pada tahun 2012, Program S-1 GPAI SD dileburkan ke dalam Program Studi Pendidikan Agama Islam, karena izin operasional yang diusulkan ke Dirjen Pendis DEPAG RI. tidak kunjung terbit. Berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 153/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2016, menyatakan bahwa Program studi Sarjana Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, UIN Raden Fatah Palembang terakreditasi B, sejak tanggal 28 Mei 2016.